Mùa xuân năm Thuần Hữu thứ 6 (1246), Mạnh Củng nhân bệnh đã 5 lần xin từ chức, tìm nơi an nhàn để dưỡng bệnh, nhưng chưa được cho phép. Hà Nam hành tỉnh Phạm Chu Cát của Mông Cổ ngầm bảy tỏ ý nguyện đầu hàng Mạnh Củng, ông báo cáo lên triều đình, rồi chuẩn bị nhận hàng, nhưng chưa được phê chuẩn. Mạnh Củng cảm thán: “30 năm thu phục lòng người Trung Nguyên, nay cơ hội đến thì lại không nhận lấy.”[8]

Bệnh tình ngày càng nặng, đầu tháng 9, ông trả lại chức Tiết độ sứ, rồi qua đời, hưởng thọ 52 tuổi. Mạnh Củng được truy tặng là Thái sư, phong làm Cát quốc công, thụy là Trung Tương.